El ninjutsu Togakure Ryu es el estilo más antiguo dentro de las nueve escuelas de arte marcial de las que el maestro ninja Maasaki Hatsumi retiene los rollos secretos (makimono). El guardián de los makimono es reconocido como Soke – líder de ese arte marcial en particular. A pesar que los registros históricos son incompletos e imprecisos, se cree que el ninjutsu Togakure Ryu fue fundado por Daisuke Nishina en los años 1100. Daisuke mismo, fue expuesto al entrenamiento Shugendo desde joven en la región de Togakure (ahora Togakushi) en Japón. El entrenamiento en artes marciales de Daisuke prosiguió hasta su prueba final en 1181, cuando se unió a un líder local llamado Kiso Yoshinaka para combatir las tropas  que fueron enviadas al área para subyugar a la población local. Tras tres años de peleas, el movimiento de resistencia fue derrotado y Daisuke fue forzado a huir por su vida.

Enrumbó hacia el sur y se refugió en la región de Iga, localizada en las afueras de Kyoto. Fue ahí donde Daisuke conoció a Kain Doshi, un monje guerrero yamabushi, quien le enseñó acerca de la espiritualidad, que Daisuke incorporó a su arte marcial. Daisuke en celebración del nacimiento de su recién ganado poder como guerrero, cambio su nombre por el de su lugar de nacimiento. De ahí en adelante se le conocería como Daisuke Togakure; y su herencia seria conocida como ninjutsu Togakure Ryu. El ryu floreció por muchos siglos y experimentó su máximo poder en los 1500 antes del shogunato de Ieyasu Tokugawa.

El shogunato Tokugawa trajo a Japón paz y tranquilidad. El ambiente de vida o muerte bajo el cual las familias Ninjas operaron por muchos años, no existía nunca más. Mucho del entrenamiento del guerrero quedó obsoleto; y muchas de las tradiciones  simplemente murieron por desuso o falta de interés. Aun así, un numero de estos sistemas Ninja permanecieron vivos, sobrevivieron a los siglos por unas pocas personas especiales que supieron que estos métodos no debieran ser totalmente olvidados.

Estos son los ninjas de hoy en día. Sorprendentemente, hay más practicantes activos en todo el mundo, de lo que ha habido en toda la historia. El Dr. Hatsumi siente una responsabilidad al hacer los métodos de ninjutsu disponibles para otros, en todo el mundo. El ha hablado de un sentimiento que su maestro, Toshitsugu Takamatsu, aun le dice desde su tumba, instruyéndolo en cómo llevar las tradiciones Ninja.