El origen del término Kunoichi es tan incierto como todo lo que rodea al ninjutsu. Se cree que el término deriva del nombre de los caracteres que se asemejan a los tres golpes en la letra kanji para mujer (女 onna); se dice en el orden en que están escritos: ku (く) – no (ノ) – ichi (一).

A diferencia de las mujeres de su generación en el antiguo Japón, la kunoichi fue entrenada bajo la misma rigurosidad que sus compañeros masculinos, sin distinción alguna.

Como verdaderas agentes de inteligencia que eran, las kunoichi se especializaban en seducir a altos mandos y jerarcas enemigos, a los cuales sometían o asesinaban en momentos de descuido. Lo impredecible y el engaño eran las armas más mortales con que contaban estas guerreras y que las hacían imbatibles ante sus propios compañeros hombres.

Sus misiones no se desarrollaban únicamente en la oscuridad y el silencio. Tras una inocua doncella del Japón medieval podía esconderse una implacable guerrera. Sus armas, como las de todos los ninjas, estaban más bien determinadas por las circunstancias: un palillo para sujetar el cabello podía convertirse en una aguja arrojadiza; un simple abanico podía esconder en su interior filosas hojas de metal y servirles como arma. Su virtud era la sorpresa: la capacidad de sorprender con habilidades de asesina y con armas improvisadas.

La seducción también era parte del juego de las kunoichi. Mediante sus encantos podían acceder a personas importantes y dar el golpe justo en el momento necesario. Un cuchillo escondido en una flauta o bajo los vestidos que lentamente se sacaban bastaba muchas veces para descabezar al mando enemigo.

Esta práctica se mantiene hasta la actualidad, donde miles de mujeres entrenan, practican y viven el budo taijutsu de Hatsumi soke ya adaptado a la realidad actual, creciendo en el arte, y llevandolo como instructoras alrededor del mundo, mostrando que en este arte no hay fronteras cuando se entrena con el corazón.

En Bujinkan, en el entrenamiento actual, la única diferencia es en el color de la cinta de kyu o grado, la cual es de color rojo en lugar de verde, si así es decidido en el dojo donde entrenan.